Annegret Schönbeck studierte Kirchenmusik und Gesang (Historische Aufführungspraxis) in Frankfurt am Main sowie Orgel und Gesang an der Schola Cantorum in Basel. Als Kantorin war sie zunächst in Frankfurt/Main tätig und ist jetzt Organistin an der Hus-Schnitger-Orgel der Kirche St. Cosmae et Damiani in Stade.
Seit 2006 leitet sie an der Orgelakademie Stade das von ihr ins Leben gerufene Projekt „Alte Orgeln für junge Menschen“, zu dessen Angeboten u. a. das Stader Jugend-Orgelforum gehört. Sie konzertierte im In- und Ausland und wirkte bei Rundfunk- und CD-Produktionen u.a. im Johann-Rosenmüller Ensemble und bei „La Stagione Frankfurt“ mit.